Зачатьевская башня получила свое название от располагавшегося поблизости, вне кремлевских стен, Зачатьевского монастыря, основанного в середине XIV в. Документы XVII в. называют ее также "Белой"-очевидно по той же причине, по которой носит название "Белая" соседняя башня.

Некоторые документы XVIII в. называют башню Живоносовской - по располагавшейся рядом церкви. Борисоглебская башня (она же Духовская) получила свое название от находившейся рядом церкви Бориса и Глеба. Название Духовской она получила позже - по основанному рядом с ней в 1584 г. монастырю.

Из данных Писцовой книги за 1621-22 гг. и других документов следует, что Зачатьевская башня имела всего два яруса и по своей высоте не превышала высоты линии стены. По условиям местности, а также исходя из того, что господствовали на реке русские, строители кремля не придавали ей значения важного узла обороны и построили башню с проездом лишь в качестве выхода из кремля, соединявшего его кратчайшим путем с рекой.